Kyon, siswa SMA biasa, telah lama menyerah keyakinannya dalamsupranatural. Namun, setelah pertemuan Haruhi Suzumiya, Kyon dengan cepat menemukan bahwa Haruhi tertarik pada–alien, penjelajah waktu,dan esper di antara hal lainnya. Ketika Haruhi menyesalkan tentang kurangnya klub menarik di sekitar sekolah, Kyon menginspirasi Haruhiuntuk membentuk klub sendiri. Akibatnya, Brigade SOS terbentuk, klub yang mengkhususkan diri dalam semua hal yang berbau supranatural.

Banyak kecewa, Kyon, bersama dengan kutu buku pendiam, Yuki Nagato, yang pemalu dan penakutMikuru Asahina, dan terus-menerus tersenyum Itsuki Koizumi, yang direkrut sebagai anggota. Ceritamengikuti petualangan gila yang keempat bertahan di bawah pimpinan aneh mereka, Haruhi. Kisah inididasarkan pada novel ringan oleh Nagaru Tanigawa.